Arbeitspaket 6.1: Integrierte Genom- , Methylom und Transkriptom-analysen

Priciple Investigator: Dr. Steve Hoffmann, Universität Leipzig

Die in der Primärdatenanalyse des AP2 (Schweiger) generierten Variations-, Methylierungs- und Expressionskarten der einzelnen Proben werden im Arbeitspaket AP6.1 zusammengeführt, um genomweite Karten alternativer Transkriptionsstartstellen, alternativen Spleißings, alternativer Polyadenylierung oder Methylierung in karzinogenem, adenomatösem und normalem Gewebe zu erstellen. Diese Karten erlauben einen vollständigen Überblick über das Spektrum genomischer, transkriptomischer und methylomischen Variation in den veränderten Geweben. Sie ermöglichen die Integration der drei Informationsschichten (Genom, Methylom und Transkriptom), um den Einfluss von Mutationen auf die RNA-Expression, Transkriptionsstartstellen, Spleißing, post-transkriptionelle Modifikationen, RNA-Degradation oder chemische Modifikationen zu beleuchten. Damit können funktionell bedeutsame Mutationen identifiziert und erste Hypothesen über die Relevanz und Rolle der Mutationen im Krebsgeschehen erstellt werden.

Insbesondere soll im Rahmen dieses APs die Verteilung von Mutationen über das Genom und über alle Gewebstypen hinweg untersucht werden. Diese Analyse liefert eine Karte der genomweiten Mutationswahrscheinlichkeiten. Damit kann die wichtige Frage beantwortet werden ob die Mutationen global und genomweit oder nur punktuell und locusspezifisch aufgetreten sind. Die Antwort auf diese Frage erlaubt Rückschlüsse auf die Funktion der im HNPCC beschädigten Reparaturmechanismen.