Arbeitspaket 3: Validierung und Klassifizierung von Mutationen, die durch NGS identifiziert werden

Priciple Investigator: Prof. Brigitte Royer-Pokora, Universität Düsseldorf

Die Daten, die durch NGS der Tumoren in Berlin erhoben werden, sollen in Düsseldorf auf relevante Mutationen analysiert werden. In Kooperation zwischen dem MPI (Schweiger) und dem Institut für Humangenetik wird die Auswahl von potentiell interessanten Genen durchgeführt und eine Validierung durch eine zweite unabhängige Methode angeschlossen.

Die interessanten ausgewählten Gene werden auf ihre subzelluläre Lokalisation in Tumorzellen analysiert, sowie in knock-down und Überexpressionsanalysen weiter charakterisiert. Das Differenzierungspotential von Kolonkarzinomzelllinien wird nach knock-down von putativen Onkogenen oder Überexpression von putativen Tumorsupressorgenen untersucht.

Die biologischen Eigenschaften der entsprechend manipulierten Zellen werden in Invasions- und Migrationsanalysen getestet, sowie die Apoptoseinduktion untersucht. Letztendlich soll auch das Genexpressionsmuster nach entsprechender Manipulation der Zellen bestimmt werden, um weitere Einblicke in deren Funktion zu erhalten.