Arbeitspaket 2: Hoch-Durchsatz-Sequenzierung und primäre Datenanalyse

Priciple Investigator: Dr. Michal-Ruth Schweiger, MPI MG Berlin

Im Rahmen des HNPCC-Sys Projektes sollen multiple Proben von 10 HNPCC Patienten sequenziert und der Tumorprozess bioinformatisch modelliert werden.

Aus allen Proben wird RNA und DNA isoliert, die dann direkt für Sequenzierungen eingesetzt wird. Die Sequenzierungen umfassen dabei Gesamt-Genom-Sequenzierungen, Transkriptom-Analysen sowie genomweite Analysen des Epigenoms. Für die Analyse von DNA-Methylierungen wird eine methylierte DNA Immunoprezipitation (MeDIP) mit einem Antikörper gegen 5-methyl-Cytosin gefolgt von einer Hochdurchsatz-Sequenzierung (MeDIP-Seq) durchgeführt.

Im Anschluß an die Sequenzierungen werden primäre bioinformatische Datenanalysen durchgeführt. Dazu gehören Qualitätskontrollen der Sequenzierungen, das Zuordnen von Fragmenten zum Hg19 Referenzgenom (‚alignment’) sowie die Erstellung von Sequenzier-Statistiken. Alle gewonnen Daten werden nach Leipzig transferiert. Hier sollen gemeinsam weiterführende Datenanalysen, wie die Detektion von Mutationen, die Analyse von strukturellen und numerischen Veränderungen der DNA, der Identifikation von differentiell methylierten Regionen, die Gen- und miRNA Expressionsanalysen und die Detektion von neuen RNA Spezies durchgeführt werden (vgl. AP6.1).